Порожки стыковочные для пола — алюминивые, гибкие, с перепадом и правила их установки

Стыковочные порожки для пола выполняют важную декорирующую функцию при оформлении интерьера, придавая комнатному пространству завершенный и гармоничный вид. Кроме того, они служат чисто практическим целям, особенно алюминиевые — закрывают стыки различных напольных покрытий. Надежно фиксируют края материалов в местах соединений, не допуская попадания мелкого мусора, пыли и влаги, а также защищают их от случайных повреждений и преждевременного износа.

Содержание

• 1 Способы стыковки
• 2 Виды порожков для ламината и плитки
  • 2.1 Какой лучше выбрать?
• 3 Правила установки
• 4 Особенности монтажа
  • 4. 1 Гибкого ПВХ профиля
  • 4.2 Гибкого металлического профиля
  • 4.3 Алюминиевого

Способы стыковки

При соединении разнородных материалов возникает сложность с тем, что древесные структуры (паркет, половая доска, ламинат) реагируют на колебания температурно-влажностных показателей и изменяют свои габаритные размеры. Вследствие этого впритык различные покрытия размещать нельзя, необходимо всегда оставлять компенсационный зазор.

Место стыка может оформляться следующим образом:

• Компенсатор. Он представляет собой тонкую полоску из пробки, с лицевой стороны покрытую защитным лаком, краской или отделанную шпоном. Чаще используется при работах с паркетом, т. к. отличается высокой стоимостью.
• Затирочная смесь для швов. Если на полу лежит плитка, то щель можно заполнить на 2/3 силиконовым герметиком, а оставшуюся часть замазать затиркой нужного цвета. Обязательно потребуется обработка краев ламината силиконом, а весь шов сверху следует покрыть защитным лаком.

• Жидкая пробка. Смесь измельченной коры дерева, эластичного связующего на водной основе и стабилизирующих добавок. Наносится при помощи специального дозирующего пистолета и шпателя. Может окрашиваться в различные цвета древесной палитры.

• Декоративный порожек. Устанавливается в случае стыковки покрытий под дверью (смотрится правильно и гармонично), при разности высот стыкуемых материалов, когда другого выхода просто нет, и при расположении места соединения во входной зоне. В последнем варианте преобладают соображения практичности, т.к. это самое проходное и часто пачкающееся место. Эстетическая сторона уже не так важна.

Переходные порожки являются наиболее популярным и распространенным способом стыковки разных покрытий на полу.

Виды порожков для ламината и плитки

Существуют следующие конструктивные виды соединительного профиля, которым можно оформить место стыка кафельной плитки и ламината:

1. Прямой. Декорирует стык между напольными покрытиями, имеющими одинаковую высоту. Имеет Т-образный профиль. Разброс высот не должен превышать 1 мм.
2. Завершающий (угловой). Используется для материалов с большой высотной амплитудой, а также для фиксации кромки покрытий в прихожей, у балкона, лоджии и т.д.Одна сторона соединяющего элемента прямая, а вторая опускается вниз под углом 90°.
3. Выравнивающий порожек. Применяется на покрытиях для пола с перепадом высот от 3 до 18 мм. С одной стороны профиль внизу проклеен упругой прокладкой, которая во время монтажа компенсирует разницу толщин.
4. Выравнивающий т образный профиль алюминий для твердых полов (переходной). Позволяет плавно обыграть переход от высокой поверхности к более низкой. Такой порожек имеет скошенный край.

По материалу изготовления пороги бывают:

• Алюминиевыми. Металлические профили самые популярные, прочные, износостойкие, коррозии не подвержены. Окрашиваются в различные тона.
• Пробковыми. Самые редкие и дорогие, годятся только для маленьких щелей.
• Пластиковыми. Вариант бюджетный, не стойкий к нагрузкам и истиранию.
• Из МДФ или ДВП. Имеют низкую механическую стойкость. Декорируются пленками, имитирующими различные породы дерева.
• Резиновыми. Гибкие пороги из каучука с полимерами и различными органическими добавками.

Какой лучше выбрать?

Чтобы правильно подойти к выбору напольных соединений, нужно учесть ряд моментов:

1. Требуемая ширина и длина. Порожек должен с запасом закрывать обе стороны стыкуемых покрытий.
2. Следует учесть материал, из которого изготовлена планка. Наиболее распространенными являются алюминиевые изделия, они ламинируются стойкими пленками под натуральные деревянные волокна. Срок службы у таких элементов гораздо больше.
3. Конструктивное устройство профиля подбирается исходя из характера стыка. Если имеется большой перепад высоты, то необходимо применить выравнивающую планку. Порожки Т-образные будут более подходящими для одноуровневого ровного покрытия. В прихожей или на лоджии лучше справится с поставленной задачей угловой профиль.
4. Выбору оптимального цвета тоже нужно уделить внимание. Чаще всего выбирают окраску, совпадающую с цветом напольной облицовки, особенно в ситуации с паркетом или ламинатом. Но в интерьер, выполненный в стиле хай-тек, лучше впишется хромированный блестящий профиль.
5. Важную роль играет функциональное назначение пространства, где устанавливается порог. Для плитки, которой уложен пол ванной, в месте соединения с комнатным ламинатом деревянный профиль не подойдет, т. к. он плохо переносит влажность. Соединительные элементы из алюминия применяют в местах, где наблюдается повышенная проходимость и часто делают влажную уборку (коридор, прихожая).

При выборе порожков не стоит забывать и о финансовой стороне. Для дорогой керамической облицовки и хорошего качественного ламината будет не совсем уместен дешевый пластиковый соединительный профиль.

Правила установки

Монтаж соединительных профилей для пола осуществляется 2 способами:

• Открытым.
• Скрытым.

Первый вариант используется преимущественно при установке элементов из металла. Порожек крепится к основанию пола насквозь. При этом все крепежные элементы остаются видимыми. Шляпки крепежей после монтажа окрашиваются полимерной краской в нужный оттенок.

При скрытом монтаже сначала прикручивается или приклеивается нижняя часть профильного элемента, а затем верхняя планка вставляется в имеющиеся зажимы и просто защелкивается.

Особенности монтажа

Порожек разных конструкций требуется устанавливать по немного различающимся технологиям. Оформить стык не сложно своими руками даже любому начинающему отделочнику. Важно помнить, что щель между покрытиями нельзя заполнять полностью, обязательно должно оставаться свободное пространство для компенсации температурных расширений.

Гибкого ПВХ профиля

Преимуществом гибких порогов является возможность оформлять сложные криволинейные и изогнутые стыки между керамической плиткой и ламинатом. Пластиковые модели профиля состоят из 2 частей. Нижняя половинка имеет прорези по всей длине, которые помогают придавать планке произвольную форму. Эта часть устанавливается непосредственно на пол и оснащена специальными клипсами-зажимами для фиксации верхней декорирующей планки.

Сам по себе гибкий порог не имеет большого радиуса изгиба, поэтому для повышения эластичности его нужно будет разогреть и размягчить перед установкой. Делается это при помощи строительного фена или путем погружения в горячую воду на 15-20 минут. Верхний профиль монтируют посредством резинового молоточка, легко постукивая по местам креплений, в результате чего они просто защелкиваются.

Гибкого металлического профиля

Сделать технологичный стык между кафелем и ламинатом с помощью гибкого соединителя из металла несколько сложнее. Прежде чем производить монтаж гибкого порога, необходимо измерить и рассчитать толщину напольных покрытий с учетом подложки и клея. Профиль из металла изгибается вручную на нужный радиус и отпиливается в размер болгаркой или ножовкой. Установка такой соединительной планки осуществляется в одно время с облицовкой поверхности пола плиткой.

Специальные лапки, расположенные по всей длине, заводятся под кафель и фиксируются там при помощи плиточного клея. Ламинат вставляется в паз, имеющийся с другой стороны. Если появляется необходимость стыковать уже уложенное плиточное покрытие, то приходится удалять часть клея по самому краю кромки, чтобы в образовавшееся пространство задвинуть крепежные лапки. Ламинированное покрытие должно укладываться с температурным зазором не менее 5 мм. Контролировать этот размер можно путем приклеивания малярной ленты по разметке на край досок.

Алюминиевого

Для стыковки поверхностей с одинаковой толщиной часто используются простые алюминиевые порожки. Работы проводятся в следующем порядке:

1. Профиль обрезается в нужный размер (по ширине дверей)
2. Соединительный элемент прикладывается в место стыка для осуществления разметки по имеющимся отверстиям.
3. В основании высверливаются отверстия и в них вставляются пластиковые дюбеля.
4. Стыковочный элемент крепится в нужном положении саморезами.

Во избежание деформации металлического профиля из-за чрезмерных усилий рекомендуется закручивать крепеж шуруповертом, работающим на самых малых оборотах, или вручную с помощью отвертки.

Алюминиевое соединение со скрытым креплением монтируется немного иначе:

• Выполняется разметка основания под крепеж и по ней просверливаются отверстия.
• В проделанные отверстия вставляются дюбеля из пластмассы.
• В пазу с внутренней стороны профиля размещаются саморезы, расстояния между ними должны соответствовать расположению дюбелей.
• Порог прикладывается к шву путем совмещения шурупов с вбитыми дюбелями.
• Снимается бумажная защитная лента с клеевого слоя (если она есть).
• Резиновым молотком профиль прибивается к полу.

При установке порогов рекомендуется менять стандартный крепеж на более прочный и надежный. Более тесный контакт обеспечивается дюбелем большего размера (8X60 вместо 6X40), у которого обтачивается шляпка.

Понравилась статья? Поделиться с друзьями:

Порожек между плиткой и ламинатом: виды, установка

Ламинат и керамическая плитка — два наиболее популярных, в последнее время, напольных покрытия. О том, как оформить стык между ламинатом и плиткой, чтобы было правильно и красиво и пойдет речь. Если место соединения находится в дверном проеме, лучший выход — порожек. Этот вид изделий может называться «переходной профиль», «соединительный профиль» и так далее в том же духе. Но не всегда стык между ламинатом и плиткой находится в дверном проеме. Для других случаев есть другие решения, которые также можно применять между комнатами. 

Содержание статьи

• 1 Зачем нужен порожек
• 2 Металлические пороги
  • 2.1 Стыковочная планка
  • 2.2 Порожек с кабель-каналом
  • 2.3 Т-образный порожек
  • 2.4 Z-образные
• 3 Стыковка плитки и ламината без порогов
  • 3.1 Как вывести плитку и ламинат на один уровень
  • 3.2 Пробковый компенсатор
  • 3.3 Заполнить жидкой пробкой или герметиком
  • 3.4 Профиль между ламинатом и плиткой
• 4 Плавный стык

Зачем нужен порожек

Кафель или керамогранит и ламинат — два совершенно разных напольных покрытия с различными свойствами и характеристиками. Но и тот и другой материал изменяет размеры при изменении температуры и влажности. Плитка изменяется незначительно, а вот ламинат может на метр длины увеличиваться или уменьшаться на 1-1,5 мм. А если длина комнаты 5 метров, это уже от 5 мм до 7,5 мм.

Стыковка плитки и ламината без порогов и с порожками. Каждый выбирает, что ему больше нравится

Как вы понимаете, если не позаботиться о том, чтобы материалам было куда расширяться, они поднимутся, поэтому при укладке ламината вдоль стен оставляют технологический компенсационный зазор. Он должен быть и на месте соединения ламината и плитки тоже. Потому их укладывают не вплотную, а оставив незаполненное ничем расстояние между двумя покрытиями. Это расстояние — не менее 10 мм. Чтобы это расстояние прикрыть,  используют порожки, профили. Можно обойтись без порожков на стыке между ламинатом и плиткой? Можно. Есть свои решения, но класть вплотную можно только при небольшой длине ламината. В остальных случаях зазор просто заполняется подходящим эластичным материалом или вставкой.

Для стыковки плитки и ламината без порогов оба покрытия надо вывести на один уровень и подрезать идеально

Порожек выполняет еще одну задачу. С его помощью можно прикрыть соединение разных по уровню материалов. Большую разницу закрыть не получится, но в несколько миллиметров — легко. При стыковке плитки и ламината без порожка, приходится выводить два покрытия на один уровень без малейших отклонений. И еще один момент: подрезка плитки и ламината должна быть идеальной. Ведь шов получается открытым.

Металлические пороги

Металлические порожки между плиткой и ламинатом делают из алюминия и латуни. Можно найти из нержавеющей стали. Поверхность может быть:

• глянцевой (отполированной) или матовой;
• окрашенной — порошковое окрашивание, хромирование, анодирование или гальванизация;
• ламинированной той же пленкой, которую применяют при изготовлении ламината.

Некоторые виды профилей для стыка плитки и ламината

Это то, что касается того, из чего может быть порожек. Есть еще пластиковые и деревянные. Пластиковые слишком недолговечны, хоть и заменить их не проблема. Стоят они немного, монтируются просто и быстро. Деревянные применяются обычно на стыке паркета или дощатого пола с плиткой. Дальше поговорим о формах и особенностях их установки.

Стыковочная планка

Самый простой и дешевый способ закрыть стык — установить обычный накладной порожек. Это чуть изогнутая планка из алюминия или латуни. На «спинке» может быть нанесена насечка — чтобы нога не скользила. Монтаж — напрямую через планку к основанию при помощи дюбелей или саморезов. Отверстия под установку крепежа могут быть насверлены на заводе. Есть варианты, когда делать их надо самостоятельно.

Простой накладной порожек

Перед установкой замеряют ширину проема, отрезают планку нужной длины. Затем прикладывают ее на место. При установке на саморезы проблем нет — сразу прикручиваем к основанию (фанера, ГВЛ и другие материалы). Если основание цементное или бетонное, требуется установка дюбелей. Тогда при помощи карандаша, маркера и тонкого сверла переносят отверстия под крепеж на основание. Сверлят отверстия под пластиковые заглушки. Диаметр сверла равен диаметру крепежа. Вставляют заглушки, выставляют на место порожек и закручивают дюбель-гвозди.

Второй способ монтажа плоского порожка — на силикон или эластичный клей. Он не такой надежный, хотя силикон тоже достаточно прочно держится. Есть еще такие накладные порожки с нанесенным клеящимся составом. При их установке надо поверхности хорошо очистить и обезжирить уайт-спиритом. После высыхания снять защитную пленку и установить порожек на место, хорошо пригладить/придавить.

Переход между ламинатом и плиткой можно закрыть при помощи накладной планки на самоклеящейся основе

Кстати, при установке на саморезы/дюбеля на края порожка тоже лучше нанести полосу герметика или клея. Оба состава должны оставаться эластичными после высыхания. Эластичность позволит покрытиям немного двигаться — при изменении влажности и температуры. А сам состав не позволит песку и другому мелкому мусору оказаться под планкой. Иначе в процессе эксплуатации он набивается в зазор, а потом начинает его потихоньку поднимать вверх.

Порожек с кабель-каналом

Разводка малоточной проводки — кабели телевидения, интернета — может стать проблемой. Непонятно куда уложить эти провода и кабели, чтобы они были в сохранности, доступны для обследования и при этом не портили внешний вид. Одно из решений — использование напольных плинтусов с кабель-каналами. Но как их провести через дверной проем? Решения два. Первое — вокруг дверного проема, второе — уложить в порожек с кабель-каналом.

Порожек с кабель-каналом

Есть они двух видов — выпуклые, различной ширины/высоты, встраиваемые. Встраиваемые, это те, которые с напольной отделкой практически на одном уровне. Они обычно металлические со сформованной выемкой. Но много проводов там не спрячешь. Могут быть с накладками из резины и без.

Т-образный порожек

Т-образные порожки хороши тем, что при их установке не обязательно использовать крепеж. Это так называемые порожки для ламината со скрытым креплением. Если в полу проходят трубы или кабели, другие коммуникации, сверлить его опасно. Т-образный порожек состоит из двух частей: собственно защитной планки в виде буквы Т и вспомогательного профиля. Этот профиль обычно имеет форму буквы U. Такие профили есть для одноуровневых покрытий (они дешевле) и для разноуровневых (дороже).

Т-образный порог может быть для одноуровневых и разноуровневых покрытий

Разноуровневые Т-образные порожки могут ставиться с некоторым наклоном. Для этого снабжены насечками как «ножка» накладной планки, так и стенки U-образного профиля. Но перепад не может быть большим — несколько миллиметров. Максимум — до 3 миллиметров. Хотя, есть более дорогие системы в которых верхняя планка состоит из трех подвижно соединенных частей. Тут перепад может быть больше.

Более дорогие варианты, которые «подстраиваются» под перепад между ламинатом и плиткой

Монтаж Т-образного порожка состоит в том, чтобы приклеить/прикрутить вспомогательный U-профиль. В него затем вставляется Т-образная часть. Продаются эти части отдельно. Понятное дело, что форма паза вспомогательного профиля и выступы на Т-образной части должны быть совместимы. Хорош этот вид тем, что декоративную планку легко заменить. Вот только если вы один раз его вынули, второй раз он уже держаться не будет. То есть, нужна будет другая декоративная планка. Стоят они не слишком много.

Z-образные

Основная идея порожка — оставить свободу движения покрытию при увеличении размеров. Плитка и керамогранит изменяются меньше, ламинат — больше. Потому и делают Z-образные порожки с полочками разной ширины. Узкая полочка в несколько миллиметров перекрывает срез плитки, более широкая закрывает зазор до ламината.

Переходные порожки в форме буквы Z

Хорош этот порожек тем, что его не надо крепить: нижняя планка заводится под плитку и держится за счет прочности клея. Минус в том, что такой порожек между плиткой и ламинатом можно устанавливать только при монтаже плитки. Ламинат можно завести позже, а вот порожек укладывать надо только вместе с плиткой.

Стыковка плитки и ламината без порогов

Если стык ламината с кафелем проходит не под дверью, использование порожков выглядит нелогичным, царапает глаз. В этом случае можно ставить не порожки, а различного вида компенсаторы. Они не заходят на материал, но заполняют зазор. И еще раз обращаем ваше внимание, что при стыковке ламината и плитки в таком варианте, подрезка должна быть ювелирной и идеально исполненной.

Стыковочная планка не всегда в виде порожка

Как вывести плитку и ламинат на один уровень

Как уже говорили, если хотите стык между ламинатом и плиткой сделать без накладных порожков, надо выводить покрытия на один уровень. Совпадение должно быть точным. Если получается, что ламинат «выходит» немного ниже, придется искать подложку подходящей толщины. Если разница слишком большая, может потребоваться выравнивание плиточным клеем. Выравнивание плавное. Помним, что допустимый перепад для ламината — 2 мм на 2 метра длины. Так что все это надо будет продумать заранее.

Если толще получается ламинат+подложка, выравнивают за счет более толстого слоя клея под плиткой. При перепаде в 1-2 мм, можно сыграть за счет большего слоя клея, шпателя с более глубоким зубом. Если больше 2 мм, придется делать предварительное выравнивание. Подъем должен быть плавным — не менее чем метр. Для этого готовят планку длиной чуть больше метра. На одном конце ее сделан выступ, которым планка будет опираться на край ламината. Ступенька от нижнего конца планки до выступа — равняется толщине плитки+толщина клея.

Приспособление для выравнивания плитки в один уровень с ламинатом

Выравнивание проводим плиточным клеем. Он сохнет быстрее. Наносим его на выравниваемую зону. Планку выступом опираем на ламинат, вторым концом — на основание пола. На ламинат лучше предварительно наклеить малярный скотч. Лучше — несколько полос, чтобы защитить от попадания клея и от царапин. Этой планкой проводим «на себя», собирая излишки клея. Их затем выкладываем дальше. Работа похожа на выравнивание стяжки или бетонного раствора по маякам. Добившись относительно ровной поверхности, оставляем сохнуть. Идеально выводить  незачем — плиточный клей скроет небольшие (в несколько миллиметров) огрехи. Дальше дело за заполнением шва.

Пробковый компенсатор

Переход между плиткой и паркетом или плиткой и ламинатом можно заполнить пробковым компенсатором. Это брусок из пробки, покрытый защитным/декоративным слоем определенного цвета. Бывает разной высоты (от 8 мм до 16 мм) и ширины (8 мм, 10 мм, 12 мм). Так что подбирается по ширине проема.

Пробковые компенсаторы

Крепят пробку на герметик. Можно акриловый. Они могут быть тонированы в какой-то цвет, можно подобрать в тон с заполнителем. Лучше, если герметик останется эластичным после высыхания, тогда стык между ламинатом и плиткой будет долго выглядеть нормально. Обычный потрескается, в трещины набьется пыль, что значительно снизит привлекательность.

Методика монтажа пробкового компенсатора между ламинатом и плиткой такая:

• Очищаем промежуток между плиткой и ламинатом.
• Наносим зигзагом на основание герметик.
• Устанавливаем компенсатор, прижимаем, выравниваем вровень с покрытием.
• Отгибаем пробку в одну сторону, наносим герметик.
• Прижимаем плотно к этому краю, наносим с другой стороны.
• Выставляем ровно.
• Смешиваем воду с моющим средством для посуды, берем губку удаляем выдавленные излишки.

Пробковый компенсатор — один из вариантов

Если поверхность швов нормальная, можно оставить как есть. Если надо подправить, берем маленький резиновый шпатель или резиновую тонкую пластинку и формируем вогнутую кромку. Так дольше сохранится эластичность состава и он не лопнет. Шпатель можно заменить ногтем в перчатке (можно полиэтиленовой, можно — резиновой).

Заполнить жидкой пробкой или герметиком

Если порожек между плиткой и ламинатом никак не привлекает, можно залить зазор жидкой пробкой или заполнить герметиком. Материалы разные, но способ заполнения одинаковый. Жидкая пробка продается в полиэтиленовых тубах, герметик — по-разному, но удобнее работать с тубами под монтажный пистолет. Герметик и жидкая пробка должны быть эластичными. Причем эластичность должна сохраняться после высыхания. Иначе смысла в таких вставках нет.

Заполнение шва жидкой пробкой или герметиком

Монтаж несложный: очищаем, заполняем, выравниваем поверхность, ждем пока высохнет. Но есть моменты. Первый. Перед работой имеет смысл покрытия защитить малярным скотчем. Их наклеивают ровно в край. После работы снимают, никаких проблем с отмыванием от герметика или жидкой пробки нет. Второй. Герметик обычно выдавливают из тубы, но жидкую пробку туда не вставишь. Нужен будет небольшой резиновый шпатель. Надрезаем край тубы, понемногу выдавливаем состав, заполняем шов. Вот тут очень пригодится скотч. Третий. Правило выравнивания пробки/герметика такое же, как описано выше. Надо создать не ровную поверхность, а либо выгнутую, либо вогнутую. Так шов лучше растягивается и сжимается, не трескается, не теряет свой вид.

Стоит сказать насчет параметров зазора, который может быть заполнен составом. Герметик сохраняет эластичность только в том случае, если глубина слоя не больше ширины шва. То есть, если зазор получился слишком узким и широким, нижнюю часть надо чем-то заполнить. Не забывайте, что это «что-то» должно быть эластичным.

Профиль между ламинатом и плиткой

Еще один способ оформить место примыкания ламината к плитке — вставить профиль или металлическую компенсирующую вставку. Это П-образная вставка с приделанной с одной стороны планкой, которая заводится под плитку. То есть, монтируется этот вид порожка при укладке плитки. По-другому никак. То есть, сначала кладется плитка, укладывается под нее профиль, а затем к нему приставляется с другой стороны ламинат.

Если порожек между плиткой и ламинатом совсем не нравится, или стык находится не возле двери, можно поставить металлическую вставку

Чтобы в щели не проникал мелкий мусор и не забивалась пыль, перед укладкой материала следует промазать его края герметиком. Тут тоже важно, чтобы герметик не трескался, поэтому ищем тоже эластичный. Почему тут можно фиксировать ламинат к металлическому компенсатору? Потому что он за счет своей упругости и будет воспринимать нагрузки.

Плавный стык

Не всегда плитка или керамогранит соединяются с ламинатом по прямой. Есть соединения с плавными, округлыми изгибами. Как поступить в этом случае? Можно заполнить шов герметиком или жидкой пробкой, как описали выше, но есть специальные гибкие профиля и порожки. Профиля в основном металлические. Их легко отличить по небольшой толщине верхней полочки, которая прикрывает край ламината (обычно). Второй отличительный признак — разрезанная на фрагменты часть, которая заводится под плитку. Именно это придает гибкость профилю.

Это металлические профили для оформления плавной линии стыка

Ширина полочки — от 1-2 мм до 4-5 мм. Чем шире полочка, тем меньше радиус изгиба. Перед установкой придают желаемую форму, заводят под плитку. С другой стороны под полочку заводят край ламината. Так что монтаж прост.

Это гибкий резиновый или пластиковый порожек

Есть еще гибкие Т-образные профили из резины и гибкого пластика. Они, как и обычные Т-образные порожки, состоят из двух частей — закладного U-образного профиля и накладки. Разница лишь в том, что накладка гибкая. Вот только и пластик, и резина применяются достаточно жесткие — чтобы не стирались и не царапались. То есть, в обычном виде сильно изогнуть не получится. Если надо сделать крутой изгиб, порожек между плиткой и ламинатом выдерживают в горячей воде (около 70°C) примерно 15-20 минут. Разогретый материал гнется без проблем. Ему придают нужную форму пока не остыл.

Надежно ли занять первое место в рейтинге Molecular Docking как лучшее решение, не принимая во внимание имеющиеся структурные данные?

1. Юрьев Э., Рамсланд П.А. Последние разработки в области молекулярного докинга: обзор 2010–2011 гг. Дж. Мол. Признать. 2013;26:215–239. doi: 10.1002/jmr.2266. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

2. Келленбергер Э., Родриго Дж., Мюллер П., Рогнан Д. Сравнительная оценка восьми инструментов стыковки для точности стыковки и виртуального скрининга. Белки. 2004; 57: 225–242. doi: 10.1002/протокол.20149. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

3. Elokely K.M., Doerksen R.J. Задача стыковки: отбор проб белков и молекулярная стыковка. Дж. Хим. Инф. Модель. 2013;53:1934–1945. doi: 10.1021/ci400040d. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

4. Kitchen D.B., Decornez H., Furr J.R., Bajorath J. Стыковка и оценка в виртуальном скрининге для обнаружения лекарств: методы и приложения. Нац. Преподобный Друг Дисков. 2004; 3: 935–949. doi: 10.1038/nrd1549. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

5. Эриксон Дж.А., Джалаи М., Робертсон Д.Х., Льюис Р.А., Вит М. Уроки молекулярного распознавания: влияние гибкости лиганда и белка на точность молекулярного докинга. Дж. Мед. хим. 2004; 47:45–55. doi: 10.1021/jm030209y. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

6. Сазерленд Дж.Дж., Нандигам Р.К., Эриксон Дж.А., Вит М. Уроки молекулярного распознавания. 2. Оценка и повышение точности кросс-докинга. Дж. Хим. Инф. Модель. 2007; 47: 2293–2302. doi: 10.1021/ci700253h. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

7. Балланте Ф., Маршалл Г.Р. Автоматизированная стратегия выбора позы связывания и оценки стыковки при разработке лекарств на основе структуры. Дж. Хим. Инф. Модель. 2016;56:54–72. doi: 10.1021/acs.jcim.5b00603. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

8. Mena-Ulecia K., Tiznado W., Caballero J. Изучение дифференциальной активности ингибиторов тромбина с использованием докинга, QSAR, молекулярной динамики и MM-GBSA. ПЛОС ОДИН. 2015;10:e0142774. doi: 10.1371/journal.pone.0142774. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Кесада-Ромеро Л., Мена-Улесия К., Тизнадо В., Кабальеро Дж. Взгляд на взаимодействие между производными малеимида и GSK3β, объединяющий молекулярный докинг и QSAR. ПЛОС ОДИН. 2014;9:e102212. doi: 10.1371/journal.pone.0102212. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

10. Caballero J., Zilocchi S., Tiznado W., Collina S. Исследования докинга и количественных взаимосвязей между структурой и активностью для имидазо[1,2-a ]пиразины как ингибиторы контрольной точки киназы-1. Мед. хим. Рез. 2012;21:1912–1920. doi: 10.1007/s00044-011-9714-1. [CrossRef] [Google Scholar]

11. Caballero J., Vergara-Jaque A., Fernández M., Coll D. Исследования докинга и количественных взаимосвязей между структурой и активностью сульфонилгидразидов как ингибиторов цитозольной аминотрансферазы аминокислот с разветвленной цепью человека. . Мол. Дайверы. 2009; 13: 493–500. doi: 10.1007/s11030-009-9140-1. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

12. Caballero J., Quiliano M., Alzate-Morales J.H., Zimic M., Deharo E. Исследования докинга и количественных взаимосвязей между структурой и активностью для 3-фтор-4-( пирроло[2,1-f][1,2,4]триазин-4-илокси)анилин, 3-фтор-4-(1, H -пирроло[2,3-b]пиридин-4-илокси)анилин и производные 4-(4-амино-2-фторфенокси)-2-пиридиниламина в качестве ингибиторов c-Met киназы. Дж. Вычисл. Помощь Мол. Дес. 2011;25:349–369. doi: 10.1007/s10822-011-9425-1. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

13. Alzate-Morales J.H., Caballero J., Vergara-Jaque A., Gonzalez-Nilo F.D. Взгляд на структурную основу N2 и O6 замещенных производных гуанина в качестве ингибиторов циклинзависимой киназы 2 (CDK2): прогнозирование способов связывания и эффективности ингибиторов путем докинга и расчетов ONIOM. Дж. Хим. Инф. Модель. 2009 г.;49:886–899. doi: 10.1021/ci8004034. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

14. Alzate-Morales J.H., Vergara-Jaque A., Caballero J. Вычислительное исследование взаимодействия N1-замещенных производных пиразола с киназой B-Raf: необычная водородная проволока. Сеть связей и новые взаимодействия на входе в активный сайт. Дж. Хим. Инф. Модель. 2010;50:1101–1112. doi: 10.1021/ci100049h. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

15. Рамирес Д., Кабальеро Дж. Надежно ли использовать общие методы молекулярной стыковки для сравнения сродства связывания пар энантиомеров с их белком-мишенью? Междунар. Дж. Мол. науч. 2016;17:525. дои: 10.3390/ijms17040525. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

16. Kroemer R.T. Дизайн лекарств на основе структуры: стыковка и оценка. Курс. прот. Пептидная наука. 2007; 8: 312–328. doi: 10.2174/138920307781369382. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

17. Meng X.-Y., Zhang H.-X., Mezei M., Cui M. Молекулярный докинг: мощный подход к открытию лекарств на основе структуры. Курс. вычисл. Помощь наркотиков Des. 2011;7:146. doi: 10.2174/157340911795677602. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

18. Friesner R.A., Banks J.L., Murphy R.B., Halgren T.A., Klicic J.J., Mainz D.T., Repasky M.P., Knoll E.H., Shelley M., Perry J.K., et al. Glide: новый подход к быстрой и точной стыковке и подсчету очков. 1. Методика и оценка точности стыковки. Дж. Мед. хим. 2004; 47: 1739–1749. doi: 10.1021/jm0306430. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

19. Halgren T.A., Murphy R.B., Friesner R.A., Beard H. S., Frye L.L., Pollard W.T., Banks J.L. Glide: новый подход для быстрой и точной стыковки и оценки. 2. Факторы обогащения при проверке базы данных. Дж. Мед. хим. 2004; 47:1750–1759.. doi: 10.1021/jm030644s. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

20. Friesner R.A., Murphy R.B., Repasky M.P., Frye L.L., Greenwood J.R., Halgren T.A., Sanschagrin P.C., Mainz DT. для белково-лигандных комплексов. Дж. Мед. хим. 2006; 49: 6177–6196. doi: 10.1021/jm051256o. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

21. Гудселл Д.С., Моррис Г.М., Олсон А.Дж. Автоматизированная стыковка гибких лигандов: приложения AutoDock. Дж. Мол. Признать. 1996;9:1–5. doi: 10.1002/(SICI)1099-1352(199601)9:1<1::AID-JMR241>3.0.CO;2-6. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

22. Gohlke H., Hendlich M., Klebe G. Функция оценки, основанная на знаниях, для прогнозирования взаимодействий белок-лиганд. Дж. Мол. биол. 2000; 295:337–356. doi: 10.1006/jmbi.1999.3371. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

23. Binda C. , Hubalek F., Li M., Herzig Y., Sterling J., Edmondson D.E., Mattevi A. Кристаллические структуры моноаминоксидазы B в комплексе с четырьмя ингибиторы N — класс пропаргиламиноиндана. Дж. Мед. хим. 2004; 47: 1767–1774. doi: 10.1021/jm031087c. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

24. Binda C., Wang J., Pisani L., Caccia C., Carotti A., Salvati P., Edmondson D.E., Mattevi A. Структуры моноаминоксидазы B человека Комплексы с селективными нековалентными ингибиторами: аналоги сафинамида и кумарина. Дж. Мед. хим. 2007; 50: 5848–5852. doi: 10.1021/jm070677y. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

25. Binda C., Li M., Hubalek F., Restelli N., Edmondson D.E., Mattevi A. Insights in the Mode of Inhibition of Human Mythondrial Monoamine Oxidase B from High -Разрешение кристаллических структур. проц. Натл. акад. науч. США. 2003;100:9750–9755. doi: 10.1073/pnas.1633804100. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

26. Binda C., Hubalek F., Li M., Herzig Y. , Sterling J., Edmondson D.E., Mattevi A. Binding of Rasagiline-Rerelated Ингибиторы моноаминоксидаз человека: кинетический и кристаллографический анализ. Дж. Мед. хим. 2005; 48:8148–8154. doi: 10.1021/jm0506266. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

27. Мильчек Э.М., Бонивенто Д., Бинда С., Маттеви А., Макдональд И.А., Эдмондсон Д.Э. Структурные и механистические исследования ингибирования мофегилином рекомбинантной моноаминоксидазы человека B. J. Med. хим. 2008;51:8019–8026. дои: 10.1021/jm8011867. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

28. Binda C., Aldeco M., Geldenhuys W.J., Tortorici M., Mattevi A., Edmondson D.E. Молекулярные исследования ингибирования моноаминоксидазы B человека антидиабетическими препаратами глитазона. АКС Мед. хим. лат. 2012;3:39–42. doi: 10.1021/ml200196p. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

29. De Colibus L., Li M., Binda C., Lustig A., Edmondson D.E., Mattevi A. Трехмерная структура моноаминоксидазы человека a (Mao A): Связь со структурами Rat Mao a и Human Mao B. Proc. Натл. акад. науч. США. 2005;102:12864–12869. doi: 10.1073/pnas.0505975102. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

30. Lu T., Markotan T., Coppo F., Tomczuk B., Crysler C., Eisennagel S., Spurlino J., Gremminger L. , Soll R.M., Giardino E.C., et al. Оксигуанидины. Часть 2: Открытие нового перорально активного ингибитора тромбина с помощью разработки лекарств на основе структуры и параллельного синтеза. биоорг. Мед. хим. лат. 2004; 14:3727–3731. doi: 10.1016/j.bmcl.2004.05.002. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

31. Ruehmann E., Betz M., Heine A., Klebe G. Фрагменты могут связывать больше энтальпии или энтропии: кристаллические структуры и модель остаточной гидратации показывают, почему. Дж. Мед. хим. 2015;58:6960–6971. doi: 10.1021/acs.jmedchem.5b00812. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

32. Lee L., Kreutter K.D., Pan W., Crysler C., Spurlino J., Player MP, Tomczuk B., Lu T. 2-(2-Chloro- 6-фторфенил)ацетамиды как мощные ингибиторы тромбина. биоорг. Мед. хим. лат. 2007; 17: 6266–6269. doi: 10.1016/j.bmcl.2007.09.013. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

33. Biela A., Khayat M., Tan H., Kong J., Heine A., Hangauer D., Klebe G. Влияние десольватации лиганда и белка на связывание лиганда к карману S1 тромбина. Дж. Мол. биол. 2012; 418:350–366. doi: 10.1016/j.jmb.2012.01.054. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

34. Чен З., Ли Ю., Муличак А.М., Льюис С.Д., Шафер Дж.А. Кристаллическая структура альфа-тромбина человека в комплексе с гиругеном и п-амидинофенилпируватом при разрешении 1,6 Å. Арка Биохим. Биофиз. 1995; 322:198–203. doi: 10.1006/abbi.1995.1452. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

35. Meneyrol J., Follmann M., Lassalle G., Wehner V., Barre G., Rousseaux T., Altenburger J.M., Petit F., Bockei Z., Schreuder Х. и др. 5-Хлоротиофен-2-карбоновая кислота [( S )-2-[2-метил-3-(2-оксопирролидин-1-ил)бензолсульфониламино]-3-(4-метилпиперазин-1-ил)-3- оксопропил]амид (SAR107375), селективный и сильнодействующий перорально активный двойной ингибитор тромбина и фактора Ха. Дж. Мед. хим. 2013;56:9441–9456. дои: 10.1021/jm4005835. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

36. Biela A., Sielaff F., Terwesten F., Heine A., Steinmetzer T., Klebe G. Связывание лиганда поэтапно разрушает водную сеть в тромбине: энтальпийные и энтропийные изменения проявляют классический гидрофобный эффект. Дж. Мед. хим. 2012;55:6094–6110. doi: 10.1021/jm300337q. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

37. Zhang C., Spevak W., Zhang Y., Burton E.A., Ma Y., Habets G., Zhang J., Lin J., Ewing T., Matusow Б. и др. Ингибиторы RAF, которые избегают активации парадоксального пути MAPK. Природа. 2015; 526: 583–586. дои: 10.1038/nature14982. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

38. Вайзенеггер И.С., Баум А., Штёрер С., Штадтмюллер Х., Бадер Г., Шааф О., Гарин-Чеза П., Шлаттль А., Швайфер Н., Хаслингер С. и соавт. Новый ингибитор киназы RAF с режимом DFG-Out-Binding: высокая эффективность в моделях ксенотрансплантата мутантной опухоли BRAF в отсутствие гиперпролиферации нормальной ткани. Мол. Рак Тер. 2016;15:354–365. doi: 10.1158/1535-7163.MCT-15-0617. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

39. Qin J., Xie P., Ventocilla C., Zhou G., Vultur A., ​​Chen Q., Liu Q., Herlyn M., Winkler J., Марморштейн Р. Идентификация нового семейства ингибиторов BRAF(V600E). Дж. Мед. хим. 2012;55:5220–5230. doi: 10.1021/jm3004416. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

40. Tsai J., Lee J.T., Wang W., Zhang J., Cho H., Mamo S., Bremer R., Gillette S., Kong J., Haass N.K., et al. Открытие селективного ингибитора онкогенной киназы B-Raf с мощной активностью против меланомы. проц. Натл. акад. науч. США. 2008; 105:3041–3046. doi: 10.1073/pnas.0711741105. [Статья PMC бесплатно] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

GSK114: селективный ингибитор для выяснения биологической роли TNNI3K. биоорг. Мед. хим. лат. 2016;26:3355–3358. doi: 10.1016/j.bmcl.2016.05.033. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

42. Хансен Дж.Д., Грина Дж., Ньюхаус Б., Уэлч М. , Топалов Г., Литтман Н., Кальехо М., Глор С., Мартинсон М., Лэрд Э. и др. Мощные и селективные ингибиторы киназы B-Raf на основе пиразола. биоорг. Мед. хим. лат. 2008;18:4692–4695. doi: 10.1016/j.bmcl.2008.07.002. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

43. Кинг А.Дж., Патрик Д.Р., Баторский Р.С., Хо М.Л., До Х.Т., Чжан С.Ю., Кумар Р., Руснак Д.В., Такле А.К., Уилсон Д.М. и др. Демонстрация генетического терапевтического индекса опухолей, экспрессирующих онкогенный BRAF, с помощью ингибитора киназы SB-5

. Рак Res. 2006;66:11100–11105. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-06-2554. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

44. Ren L., Wenglowsky S., Miknis G., Rast B., Buckmelter A.J., Ely R.J., Schlachter S., Laird E.R., Randolph N., Callejo M. , и другие. Неоксимные ингибиторы киназы B-Raf(V600E). биоорг. Мед. хим. лат. 2011;21:1243–1247. doi: 10.1016/j.bmcl.2010.12.061. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

45. Оканива М., Хиросе М., Арита Т., Ябуки М., Накамура А., Такаги Т. , Кавамото Т., Утияма Н., Сумита А., Цуцуми С. и др. Открытие селективного ингибитора киназы (TAK-632), нацеленного на ингибирование Pan-RAF: дизайн, синтез и биологическая оценка производных C-7-замещенного 1,3-бензотиазола. Дж. Мед. хим. 2013; 56:6478–6494. doi: 10.1021/jm400778d. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

46. Caballero J., Alzate-Morales J.H., Vergara-Jaque A. Исследование различий в активности между гидроксициклоалкил-N1-замещенными производными пиразола в качестве ингибиторов киназы B-Raf с помощью докинга. , молекулярная динамика, QM / MM и дизайн de novo на основе фрагментов: изучение способа связывания диастереомерных соединений. Дж. Хим. Инф. Модель. 2011;51:2920–2931. doi: 10.1021/ci200306w. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

47. Ю Дж., Чжоу Ю., Танака И., Яо М. Ролл: Новый алгоритм обнаружения белковых карманов и полостей с помощью вращающейся сферы-зонда. Биоинформатика. 2010; 26:46–52. doi: 10.1093/биоинформатика/btp599. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

48. Верховкер Г.М., Бузида Д., Гельхаар Д.К., Рейто П.А., Артурс С., Колсон А.Б., Фрир С.Т., Ларсон В., Люти Б.А., Марроне Т. и др. . Расшифровка распространенных сбоев при молекулярном докинге лиганд-белковых комплексов. Дж. Вычисл. Помощь Мол. Дес. 2000; 14: 731–751. doi: 10.1023/A:1008158231558. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

49. Muñoz-Gutierrez C., Adasme-Carreño F., Fuentes E., Palomo I., Caballero J. Вычислительное исследование ориентации связывания и аффинности агонистов PPARγ: включение лиганд-индуцированной подгонки путем кросс-докинга. RSC Adv. 2016;6:64756–64768. doi: 10.1039/C6RA12084A. [CrossRef] [Google Scholar]

50. Баррека М.Л., Ираси Н., Де Лука Л., Чимирри А. Подход с индуцированной подгонкой дает представление о способе связывания и механизме действия ингибиторов интегразы ВИЧ-1. ХимМедХим. 2009 г.;4:1446–1456. doi: 10.1002/cmdc.200

6. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

51. Калудерчич Н., Карпи А., Менабо Р., Ди Лиза Ф., Паолоччи Н. Моноаминоксидазы (МАО) в патогенезе сердечной недостаточности и ишемического/реперфузионного повреждения . Биохим. Биофиз. Акта. 2011; 1813: 1323–1332. doi: 10.1016/j.bbamcr.2010.09.010. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

52. Riederer P., Laux G. Ингибиторы МАО при болезни Паркинсона. Эксп. Нейробиол. 2011; 20:1–17. doi: 10.5607/en.2011.20.1.1. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

53. Szökő É., Tábi T., Riederer P., Vécsei L., Magyar K. Фармакологические аспекты нейропротекторного действия необратимых ингибиторов МАО-В, селегилина и разагилина, при болезни Паркинсона. J. Нейронная передача. (Вена) 2018 г. doi: 10.1007/s00702-018-1853-9. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

54. Танака К.А., Ки Н.С., Леви Дж.Х. Свертывание крови: гемостаз и регуляция тромбина. Анест. аналг. 2009; 108:1433–1446. doi: 10.1213/ane.0b013e31819bcc9c. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

55. Стрингер К.А., Линденфельд Дж. Хирудинс: Антитромбиновые антикоагулянты. Анна. Фармацевт. 1992; 26: 1535–1540. doi: 10.1177/106002809202601211. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

56. Xiao Z., Théroux P. Активация тромбоцитов нефракционированным гепарином в терапевтических концентрациях и сравнение с низкомолекулярным гепарином и прямым ингибитором тромбина. Тираж. 1998; 97: 251–256. doi: 10.1161/01.CIR.97.3.251. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

57. Албан С. Фармакологические стратегии ингибирования активности тромбина. Курс. фарм. Дес. 2008; 14:1152–1175. doi: 10.2174/138161208784246135. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

58. Mercer K.E., Pritchard C.A. Белки Raf и рак: B-Raf идентифицирован как мутационная мишень. Биохим. Биофиз. Акта. 2003; 1653: 25–40. doi: 10.1016/S0304-419X(03)00016-7. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

59. Garnett M.J., Marais R. Обвинение: B-RAF является онкогеном человека. Раковая клетка. 2004; 6: 313–319.. doi: 10.1016/j.ccr.2004.09.022. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

60. Li N., Batt D., Warmuth M. Ингибиторы киназы B-Raf для лечения рака. Курс. мнение расследование Наркотики. 2007; 8: 452–456. [PubMed] [Google Scholar]

61. Йоргенсен В.Л., Максвелл Д.С., Тирадо-Ривз Дж. Разработка и тестирование силового поля всех атомов OPLS на конформационную энергетику и свойства органических жидкостей. Варенье. хим. соц. 1996; 118:11225–11236. doi: 10.1021/ja9621760. [Перекрестная ссылка] [Академия Google]

62. Caporuscio F., Rastelli G., Imbriano C., Del Rio A. Дизайн сильнодействующих ингибиторов ароматазы на основе структуры с помощью высокопроизводительного докинга. Дж. Мед. хим. 2011;54:4006–4017. doi: 10.1021/jm2000689. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

63. Abdul-Hay S.O., Lane A.L., Caulfield T.R., Claussin C., Bertrand J., Masson A., Choudhry S., Fauq A.H., Maharvi G.M., Leissring M.A. Оптимизация пептидных гидроксаматных ингибиторов фермента, разлагающего инсулин, обнаруживает заметную субстратную селективность. Дж. Мед. хим. 2013;56:2246–2255. doi: 10.1021/jm301280p. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

64. Осгуторп Д.Дж., Шерман В., Хаглер А. Т. Создание структурных ансамблей рецепторов для виртуального скрининга с использованием анализа формы сайта связывания и кластеризации. хим. биол. Препарат Дес. 2012; 80: 182–193. doi: 10.1111/j.1747-0285.2012.01396.x. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

65. Аманинг К., Ловински М., Валле Ф., Штайер В., Марсиро К., Уголини А., Делорм К., Фуко Ф., Маккорт Г., Деримей Н. и др. Использование виртуального скрининга и дифференциальной сканирующей флуориметрии для быстрой идентификации фрагментов, активных в отношении MEK1. биоорг. Мед. хим. лат. 2013;23:3620–3626. doi: 10.1016/j.bmcl.2013.04.003. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

66. Рамирес Д. Вычислительные методы для рационального дизайна лекарств. Открытая мед. хим. Дж. 2016; 10:7–20. doi: 10.2174/1874104501610010007. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

Оценка и репараметризация силового поля OPLS-AA для белков путем сравнения с точными квантово-химическими расчетами для пептидов. Дж. Физ. хим. Б. 2001; 105:6474–6487. doi: 10.1021/jp003919d. [Перекрестная ссылка] [Академия Google]

68. Элдридж М.Д., Мюррей К.В., Аутон Т.Р., Паолини Г.В., Ми Р.П. Эмпирические оценочные функции: I. Разработка быстрой эмпирической оценочной функции для оценки аффинности связывания лигандов в рецепторных комплексах. Дж. Вычисл. Помощь Мол. Дес. 1997; 11: 425–445. doi: 10.1023/A:1007996124545. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

69. Хьюи Р., Моррис Г.М., Олсон А.Дж., Гудселл Д.С. Полуэмпирическое силовое поле свободной энергии с десольватацией на основе заряда. Дж. Вычисл. хим. 2007; 28:1145–1152. doi: 10.1002/jcc.20634. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

70. Моррис Г.М., Хьюи Р., Линдстрем В., Саннер М.Ф., Белью Р.К., Гудселл Д.С., Олсон А.Дж. AutoDock4 и AutoDockTools4: автоматическая стыковка с избирательной гибкостью рецепторов. Дж. Вычисл. хим. 2009; 30: 2785–2791. doi: 10.1002/jcc.21256. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

Стыковка и оценка | Schrödinger

Стыковка жестких рецепторов с помощью Glide

Стыковка Glide и методология подсчета очков
Методики стыковки Glide HTVS, SP и XP подробно описаны ранее. ^1-3 Glide HTVS и SP используют ряд иерархических фильтров для поиска возможных местоположений лиганда в области сайта связывания рецептора. Форма и свойства рецептора представлены на сетке различными наборами полей, которые обеспечивают более точную оценку положения лиганда. Исчерпывающее перечисление скручиваний лиганда создает набор конформаций лиганда, которые проверяются в процессе стыковки. Учитывая эти конформации лиганда, начальные скрининги детерминистически выполняются по всему фазовому пространству, доступному для лиганда, для определения перспективных положений лиганда. Из поз, отобранных при первичном скрининге, лиганд очищают в торсионном пространстве в области рецептора с помощью OPLS3 ⁴ (Glide SP и XP) или OPLS2005 (GLIDE HTVS) с диэлектрической моделью, зависящей от расстояния. Наконец, небольшое количество поз минимизируется в пределах поля рецептора при полной гибкости лиганда (минимизация после докинга или PDM). Этот процесс называется стыковочной воронкой, как показано на рис. 1.

Glide HTVS может стыковать соединения со скоростью около 2 секунд на соединение и обменивает образцы дыхания на более высокие скорости. Glide SP выполняет исчерпывающую выборку и является рекомендуемым балансом между скоростью и точностью, требуя около 10 секунд на соединение. В Glide XP используется метод выборки «якорь и рост» и другая функциональная форма для GlideScore. Он может стыковать соединения со скоростью около 2 минут на соединение. Эти три режима стыковки предоставляют множество вариантов баланса между скоростью и точностью для большинства ситуаций.

Glide использует функцию оценки Emodel ¹ для выбора между комплексами белок-лиганд данного лиганда и функцию GlideScore ² для ранжирования соединений, чтобы отделить соединения, которые сильно связываются (активные вещества), от тех, которые не связываются ( неактивные). Функция оценки Emodel в первую очередь определяется кулоновской энергией белка-лиганда-vdW с небольшим вкладом от GlideScore. GlideScore — это эмпирическая оценочная функция, предназначенная для максимального отделения соединений с сильным сродством к связыванию от соединений с незначительной связывающей способностью или вообще без нее. В качестве эмпирической оценочной функции она состоит из терминов, которые учитывают физику процесса связывания, включая липофильно-липофильный термин, термины водородных связей, штраф за вращающуюся связь и вклады кулоновской энергии белка-лиганда-ВДВ. В дополнение к этим терминам, GlideScore включает термины для учета гидрофобного покрытия ³ , который представляет собой вытеснение молекул воды лигандом из областей с большим количеством проксимальных липофильных атомов белка. Особенно полезным для связывания является образование одной или нескольких водородных связей белок-лиганд в областях гидрофобной оболочки, как показано на рисунках 2 и 3.

Нафтильная группа получает награду за упаковку гидрофобного корпуса.

Рисунок 3. Биотин, связанный со стрептавидином. Идентификация триплета коррелированных водородных связей в кольце в гидрофобно замкнутой области и трех водородных связей с карбонилом лиганда в этом кольце, каждая из которых вносит значительный вклад в очень благоприятную оценку GlideScore для этого прочно связанного комплекса (∆Gexp = -18,3 ккал). /моль).
 

Точность стыковки Glide и эффективность обогащения
Первая статья Glide ¹ занимает 2-е место среди ^{-й и} -й наиболее цитируемой статьи в Journal of Medicinal Chemistry (по состоянию на февраль 2016 г.), при этом во многих ссылках упоминается ее применение в проектах по поиску лекарств. Способность Glide постоянно выявлять совпадения для оптимизации отведений и обеспечивать понимание ключевых взаимодействий и эффектов десольватации, влияющих на связывание белок-лиганд, способствовала его широкому внедрению. Необходимым условием для получения результатов стыковки высочайшего качества является использование структур белков и лигандов, подготовленных с использованием передовых методов с помощью мастера подготовки белков и LigPrep. В рамках непредвзятого сравнения методов стыковки мы оценили Glide SP для прогнозирования режима привязки с помощью Astex 9.0156 5 набор тестов самостыковки и обогащение в контексте виртуального скрининга с использованием набора данных DUD ⁶ . Наборы данных, метрики оценки и выполненные эксперименты были предписаны условиями Симпозиума по стыковке и оценке на собрании ACS 241 ^st в Анахайме. ⁷

В этих ретроспективных экспериментах Glide SP воспроизводит кристаллическую сложную геометрию в 85 % случаев Astex со среднеквадратичным отклонением < 2,5 Å, как показано на рис. 4. Glide также эффективно обогащает проверенные базы данных известными активами, опережая случайный отбор в 9 случаях.7% целей DUD и средний показатель AUC 0,80 по всем 39 целевым системам. Эффективность раннего обогащения показывает, что в среднем 12%, 25% и 34% известных активных веществ извлекаются при скрининге лучших 0,1%, 1% и 2% восстановленных ложных целей. Это обогащение особенно впечатляет, учитывая структурное сходство между активными и лигандами-ловушками в наборе данных DUD ⁸ и то, что стыковка лиганда с SP Glide занимает всего около 10 секунд с использованием современного оборудования.

Рисунок 4: Графики СКО Glide SP из экспериментов по стыковке Astex для позы Emodel с наивысшим рейтингом (синий) и уточненной позы с наименьшим RMSD (светло-сине-серый). Показан процент поз Emodel с самым высоким рейтингом, которые соответствуют разным пороговым значениям RMSD.

Таблица 1: Ранние и полные результаты обогащения Glide SP с использованием структур, подготовленных на основе передового опыта, для набора данных DUD из 40 систем.

Использование Glide, чтобы «быть ближе к эксперименту» в Roche, на которые положительно повлияла вычислительная химия. ⁹ Ограничения водородной связи требуют образования водородной связи с определенными функциональными группами на рецепторе, позиционные ограничения могут принуждать к закрепленным позам, чтобы поместить определенную химию в объем пространства относительно рецептора, ограничения металла обеспечивают координационную геометрию. Основные ограничения особенно ценны для обеспечения ожидаемых режимов связывания родственных рядов при подготовке закрепленных поз для прогнозирования сродства связывания с помощью MM-GBSA или возмущения свободной энергии.

Макроциклы стыковки
Эффективная выборка кольцевых конформаций необходима для воспроизведения экспериментальных режимов связывания в экспериментах по стыковке, особенно для макроциклов, где могут быть сотни низкоэнергетических конформаций. Glide опирается на обширную базу данных конформаций колец для выборки состояний с низкой энергией и в остальном не исследует кольцевые системы макроциклов. Генерация кольцевых шаблонов для макроциклов значительно улучшает предсказание исходной позы.

Типичным примером является макроцикл из 2QKZ, показанный на этом рисунке, где нативный лиганд погружает кольцо макроцикла в почти закрытый карман. Для связывания в этом кармане требуется особая конформация кольца, которая формирует ключевые взаимодействия с карбонильной группой лиганда и протонированными аминогруппами. Используя кольцевые шаблоны для этого макроцикла, поза в стыковке имеет низкое среднеквадратичное отклонение 0,22 Å. Без кольцевых шаблонов макроцикла, даже при визуально похожей конформации кольца RMSD 0,71 Å для атомов кольца макроцикла, Glide помещает кольцо вне кармана, что приводит к очень большому RMSD 10,23 Å.

Рисунок 5: Расчетная конформация макроцикла (фиолетовый цвет) 2QZK, наложенная на кристаллическую структуру (зеленый цвет).
 

Стыковочные полипептиды
Более широкое использование пептидов и пептидомиметиков в качестве лекарственных средств создало потребность в точном прогнозировании связывания сложной геометрии полипептидов с рецепторами. Режим Glide SP-peptide ¹⁰ был разработан для удовлетворения этой потребности, поскольку применение Glide по умолчанию к таким лигандам приводит к успешной стыковке 24% пептидов в эталонном наборе. Чтобы улучшить предсказание режима связывания, алгоритм выборки Glide был изменен путем систематического изменения всех параметров, которые контролируют, как конформации пептида проходят через воронку Glide. Применение оптимальной комбинации этих параметров повысило точность прогнозирования позы до 41%. Кроме того, мы использовали ранее сообщавшуюся чувствительность Glide к входным конформациям11 и увеличили выборку, запустив несколько независимых заданий Glide и объединив результаты. Это повысило точность предсказания позы до 53%. Наконец, применяя оценку MM-GBSA к каждой из предсказанных поз, мы еще больше повысили точность до 58%. Это приближается к точности методов грубой силы, таких как FlexPepDock (63% для этого набора данных), за долю вычислительных затрат (24 часа ЦП для протокола Glide).

Таблица 2. Результаты стыковки пептидов с помощью Glide. Пептиды были состыкованы с голографической структурой. Результаты сгруппированы по категориям, отражающим точность стыковки. Пептиды категории А можно легко и надежно стыковать. Пептиды категории B имеют предсказания, в которых гибкие концы отличаются от кристаллических структур. Пептиды категории C (полипролин) и D (различные структуры) предсказываются с низкой точностью. Для каждого из 19 тестовых случаев 10 запусков Glide дали до 1000 полных поз (максимум 100 из каждого запуска), а количество поз с iRMSD < 2,0 Å во всем ансамбле показано в третьем столбце. Мы также измерили самый низкий iRMSD во всем ансамбле (четвертый столбец) и в 10 лучших ранжированных структурах (пятый столбец). В последних 4 столбцах перечислены структурные свойства исследованных пептидов, показывая, что точность пристыкованного пептида обычно выше, когда пептиды короткие, удлиненные и имеют небольшое количество ионизируемых боковых цепей, как правило, имеют лучшую точность.

С какими пептидами лучше всего обращаться?
Glide может стыковать лиганды, содержащие до 300 атомов и 50 вращающихся связей. Поскольку многие пептидные лиганды могут превышать эти пределы, это эффективно ограничивает применение докинга для пептидов, содержащих около 11 остатков или менее. В некоторых случаях необходимо заморозить амидные связи в их транс-конфигурации, чтобы стыковать пептиды большей длины. Обнаружены сильные корреляции между структурными особенностями пептидов и их способностью к точному докингу. Например, мы обнаружили, что уменьшенная длина пептида, повышенная протяженность и небольшое количество ионизируемых групп повышают вероятность того, что пептид был правильно состыкован. Кроме того, мы отметили сильную корреляцию между качеством предсказания для сегментов пептидов с низкими B-факторами, в то время как высокие B-факторы (как правило, N- и/или C-концы) будут иметь значительное отклонение от кристаллической структуры. , предполагая, что эти терминальные прогнозы могут быть доступными состояниями в решении.

Рис. 6. Прогнозирование белково-пептидных комплексов с использованием адаптированной для пептидов версии Glide. Предсказанные комплексы слева (зеленые) для 1NLN и 3D1E очень выгодно отличаются от экспериментальных рентгеновских структур (оранжевые). Верхний прогноз для 1ER8 (вверху справа, желтый) менее точен, если рассматривать весь пептид. Однако высокое среднеквадратичное отклонение вызвано в основном сегментами пептида с высоким уровнем b-фактора (внизу справа). Кроме того, прогноз с более низкой оценкой для этого пептида (зеленый) действительно имеет низкое среднеквадратичное отклонение для всех сегментов. Возможно, обе конформации пептида представляют доступные состояния.

Induced Fit Docking

Геометрия активного центра белкового комплекса сильно зависит от конформационных изменений, индуцированных связанным лигандом. Однако определение кристаллографической структуры комплекса белок-лиганд требует значительных затрат времени и часто неосуществимо или невозможно. Протокол Schrödinger Induced Fit (IFD) решает эту проблему, используя Glide и Prime для исчерпывающего рассмотрения возможных способов связывания и связанных с ними конформационных изменений в активных сайтах рецепторов. Уникальная процедура позволяет химикам быстро прогнозировать геометрию активных центров с минимальными затратами даже для таких сложных систем, как модели гомологии hERG.

Протокол Induced Fit начинается с стыковки активного лиганда с Glide. Чтобы создать разнообразный ансамбль положений лиганда, в процедуре используются уменьшенные радиусы Ван-дер-Ваальса и увеличенное отсечение Кулона-ВДВ, а также можно временно удалить очень гибкие боковые цепи на этапе стыковки. Для каждой позы затем используется предсказание структуры Prime для размещения лиганда путем переориентации близлежащих боковых цепей. Эти остатки и лиганд затем минимизируются. Наконец, каждый лиганд повторно стыкуют с соответствующими низкоэнергетическими белковыми структурами, и полученные комплексы ранжируют в соответствии с оценочной функцией, объединяющей энергии GlideScore и Prime.

Методология Induced Fit была тщательно доработана в реальных исследовательских приложениях и с готовностью используется как новичками, так и опытными моделистами. Как показано в Таблице 3, предсказание положения связывания для Induced Fit для ряда мишеней, где для связывания необходимы конформационные изменения белка, является очень хорошим. В дополнение к настройкам по умолчанию, подходящим для широкого спектра систем, интерфейс Induced Fit предлагает расширенные параметры, которые можно настроить для решения более сложных задач. Расчеты могут быть выполнены за несколько часов на настольном компьютере или всего за 30 минут при распределении между несколькими процессорами.

Таблица 3. Среднеквадратическое среднеквадратическое отклонение поз с наивысшим рейтингом, полученное с помощью индуцированной подгонки.

RMSD of Top-Ranked Poses Returned by Induced Fit
Target	Receptor	PDB source of ligand structure	Docking RMSD before Induced Fit (Å)	Ligand RMSD after Induced,Fit ( Å)
Альдозоредуктаза	2acr	1ah4	6,5	0,9
Антитело DB30250	1dba	1dbb	7.6	0.3
CDK2	1buh	1dm2	6.4	1.1
CDK2	1dm2	1aq1	6.2	0.8
CDK2	1aq1	1dm2	0.6	0.8
COX-2	3pgh	1cx2	11.1	1.0
COX-2	1cx2	3pgh	6.6	1.0 (0.5 1 )
Estrogen receptor	1err	3ert	5. 3	1.0
Estrogen receptor	3ert	1err	2.3	1.4 (1.0 2 )
Factor Xa	1ksn	1xka	9.3	1.5
Factor Xa2	1xka	1ksn	5.3	1.5
HIV-RT	1rth	1c1c	2.5	1.3
HIV-RT	1c1c	1rth	12.0	2.5
Neuraminidase	1nsc	1a4q	3.9	0.8
Neuraminidase	1a4q	1nsc	1.0	1.7
PPAR — gamma	1fm9	2prg	9.1	1.8 (0.4 3 )
PPAR — gamma	2prg	1fm9	9.8	3.0 (1.5 4 )
Thermolysin	1kr6	1kjo	1. 1	1.3
Thermolysin	1kjo	1kr6	3.5	3.2 (1.6 5 )
Thymidine Kinase	1kim	1ki4	4.7	0.4
Thymidine Kinase	1ki4	1kim	0.5	1.2

1 RMSD of 2nd ranked IFD structure, which имеет почти такой же суммарный балл, что и структура с самым высоким рейтингом
2 Второй раунд IFD был проведен, потому что из первого раунда были возвращены почти изоэнергетические структуры атомы с очень высокими B-факторами (>60 Å2)
4 СКО, исключая 13 атомов в частично экспонированном растворителем метилфенилоксазоловом хвосте лиганда
5 СКО, исключая 6 атомов в симметричном дикарбоксилате, перевернутом на 180° в структуре IFD

В столбце «Рецептор» перечислены жесткие рецепторы, в которые лиганды других сокристаллизованных структур вызывают конформационные изменения. До лечения с помощью Induced Fit результаты стыковки с жестким рецептором возвращают либо отсутствие поз, либо высокие среднеквадратические отклонения. Позы лиганда значительно улучшаются, поскольку Induced Fit точно предсказывает геометрию активного сайта.
 

Стыковка ковалентного лиганда

В последние годы наблюдается растущий интерес к созданию лекарств, образующих ковалентную связь с белком-мишенью, при этом почти 30% продаваемых лекарств воздействуют на ферменты, которые, как известно, действуют путем ковалентного ингибирования. ¹² . Ковалентное взаимодействие с белком-мишенью имеет преимущество в виде увеличения продолжительности биологического эффекта и потенциала для повышения селективности. Примеры белков, на которые нацелены ковалентные препараты, включают сериновые пенициллин-связывающие белки (PBP), которые связываются с β-лактамами и β-лактонными антибиотиками, цистеиновые протеазы, такие как катепсин B, K и S, которые ковалентно модифицируются винилсульфонами, эпоксиды, изотиазолоны и кетоамиды, а также другие химические группы и протеаза вируса гепатита С (HCV), которая ковалентно связывает кетоамидные группы боцепревира и телапревира.

Чтобы удовлетворить эту потребность, был разработан протокол ковалентного докинга CovDock ^{13, 14} , который обеспечивает хорошую точность прогнозирования режима связывания и автоматическое обнаружение реактивных атомов с использованием шаблонов SMARTS. Используя рабочий процесс, сочетающий стыковку Glide и оптимизацию Prime, режимы CovDock-VS (виртуальный скрининг) и CovDock-LO (оптимизация лидов) позволяют применять ковалентную стыковку в крупномасштабных проектах виртуального скрининга или оптимизации лидов соответственно. Рабочий процесс для этих двух подходов показан на рис. 7. Во многом благодаря сокращению выборки режим CovDock-VS в 10–40 раз быстрее, чем режим CovDock-LO.

Точность стыковки для CovDock хорошая со средним среднеквадратичным отклонением 1,9 Å для CovDock-VS и 1,5 Å для CovDock-LO в ретроспективном нативном эксперименте по стыковке с результатами, показанными в таблице 4. В сочетании с интерактивными фильтрами (в этих случаях H -связи), CovDock-VS также продемонстрировал превосходное обогащение в ретроспективных экспериментах, как показано в таблице 5. В недавнем тесте было показано, что он извлекает 71%, 72% и 77% известных активных веществ для катепсина К, ВГС. Протеаза NS3 и EGFR в пределах 5% библиотеки-ловушки соответственно. Даже в тех случаях, когда нельзя было использовать интерактивные фильтры, как в случае с XPO1, CovDock-VS по-прежнему мог получить 95% известных активных веществ входят в 30% лучших соединений-приманок, при этом 33% известных соединений находятся в 1% лучших соединений-приманок.

Рис. 7. Рабочий процесс CovDock с использованием Glide и Prime для стыковки и подсчета ковалентно связанных лигандов.

Таблица 4. Результаты точности стыковки CovDock-VS и CovDock-LO. ^α RMSD для поз с наименьшим значением GlideScore приводятся для лигандов, которые не удовлетворяют постдокинговым фильтрам водородных связей. Они исключаются из расчетов среднего среднеквадратичного стандартного отклонения. ^β Переворот групп -OMe и -CF3. ^c Самостоятельная стыковка сокристаллических лигандов с белковыми структурами, используемыми в ВС.

	CovDock-VS	CovDock-LO
Cathepsin K actives
1YT7-ligand c	2.68	0.68
2BDL-ligand	2,48	2,89 а
1TU6-лиганд	1.43	3.18
HCV NS3 protease actives
3KNX-ligand	2.89 a	2.45
2GVF-ligand	1.66	1.51
3LON -ligand	6.69 a	1.81
2OC7-ligand	1.38	1.12
2F9U-ligand#	1.19	1.30
2OBO-ligand	1. 29	0.98
2OC8-ligand	1.55	1.04
2A4Q-ligand	2.51	2.28
2OC0-ligand	3.03	0.88
3LOX-ligand	2.07	1.72
2OC1-ligand	3.75 a	3.14
EGFR actives
4I24-ligand (Dacomitinib)	1.46	0.85
4G5J-ligand (Afatinib)	1.81	0.86
3IKA-ligand (WZ4002)	2.53 a	1.67
2JIV-ligand (Neratinib)	6.54 a	2.41 a
2J5F-ligand (34-JAB)	1.57	1.20
XPO1 actives
4GMX-ligand (KPT-185) c	2. 19 b	0.67
KPT-276 (not submitted to PDB) c	2.54 a	1,07
Среднее	1,87	1,50

5.

Ссылки

1. Friesner, R. A.; Бэнкс, Дж. Л.; Мерфи, РБ; Халгрен, Т.А.; Кличич, Дж. Дж.; Майнц, Д.Т.; Репаски, М.П.; Нолл, Э. Х.; Шелли, М.; Перри, Дж. К.; Шоу, Д.Э.; Фрэнсис, П.; Шенкин П. С., «Glide: новый подход к быстрой и точной стыковке и подсчету очков. 1. Методика и оценка точности стыковки», J. Med. хим. , 47, 1739-49 (2004).
2. Халгрен, Т. А.; Мерфи, РБ; Фриснер, Р.А.; Борода, HS; Фрай, LL; Поллард, WT; Бэнкс, Дж. Л., «Glide: новый подход к быстрой и точной стыковке и оценке. 2. Факторы обогащения при проверке базы данных», J. Med. хим. , 47, 1750-59 (2004).
3. Фриснер, Р. А.; Мерфи, РБ; Репаски, М.П.; Фрай, LL; Гринвуд, JR; Халгрен, Т.А.; Саншагрин, ПК; Майнц, Д.Т., «Высокоточное скольжение: стыковка и оценка, включающая модель гидрофобной оболочки для комплексов белок-лиганд», J. Med. Chem. , 49, 6177-96 (2006).
4. Harder, E.; Дамм В., Мэйпл Дж., Ву К., Ребул М., Сян Дж. Ю., Ван Л., Лупьян Д., Дальгрен М. К., Найт Дж. Л., Каус Дж. В., Черутти Д. С., Крылов Г., Йоргенсен В. Л., Абель Р., Фризнер Р. А., «OPLS3: силовое поле, обеспечивающее широкий охват малых молекул и белков, подобных лекарственным средствам», J. Chem. Теория вычисл. , 12(1), 281-296 (2016).
5. Хартсхорн, М. Дж.; Верконк, М.Л.; Чессари, Г.; Брюэртон, Южная Каролина; Mooij, WTM; Мортенсон, П.Н.; Мюррей, К.В., «Разнообразный высококачественный набор для проверки эффективности стыковки белок-лиганд», J. Med. Chem. , 50, 726-741 (2007).
6. Huang, N.; Shoichet, Б.К., Ирвин Дж.Дж., «Наборы для сравнительного анализа молекулярной стыковки», J. Med. хим. , 49, 6789-6801 (2006).
7. Репаски М. П.; Мерфи, РБ; Бэнкс, Дж. Л.; Гринвуд, JR; Туберт-Броман, И.; Бхат, С.; Фриснер, Р. А., «Производительность стыковки программы Glide по оценке наборов данных Astex и DUD: полный набор результатов Glide SP и избранные результаты для новой функции оценки, объединяющей WaterMap и Glide», Дж. Вычисл. Помощь Мол. Дес. , 26, 787-99 (2012).
8. Майзингер, М. М.; Карчия, М.; Ирвин, Дж. Дж.; Шойхет, Б.К., «Справочник полезных ложных целей, улучшенный (DUD-E): лучшие лиганды и ложные цели для лучшего сравнительного анализа», J. Med. Chem. , 55, 6582-94 (2012).